昙石山文化遗址位于福建省闽侯县甘蔗街道昙石村，发现于1954年1月，先后进行8次发掘，发掘面积达2000平方米，共发现墓葬89座、陶窑9座、壕沟2条，出土大批陶器、石器、骨器和玉器。以昙石山遗址命名的昙石山文化，分布于闽江下游，直达沿海地区，具有鲜明的海洋文化特色，是先秦时期闽台两岸海洋文化的源头。
昙石山文化遗址基本上是一处4000~5000年前原始社会晚期的公共氏族墓地，其上层叠压着3000多年前的黄土仑文化遗物。2001年，昙石山遗址被国务院公布为全国重点文物保护单位。
昙石山文化遗址揭示了昙石山人的社会意识，昙石山文化的源流及与海峡对岸新石器时代文化的紧密联系，反映了昙石山文化在中国新石器时代文化中的地位，在福建闽越文化中所留下的不可磨灭的烙印，对史前海峡两岸文化交流、闽台古文化渊源以及南岛语族的起源等课题研究所具有的重要意义。
昙石山遗址沿海临江，属于海洋性气候，夏长无酷暑，冬短无严寒，气候温和，年平均气温19.5℃。年平均最高气温23.6℃，年平均最低气温16.4℃；极端最高气温40.6℃，极端最低气温-4℃。年平均降水量为1673.9毫米，年雨天平均150天，占全年41.8%、无霜期240—320天。冬季多偏北风。夏季多东南风，年平均风速3米/秒。湿度平均在18-20毫巴、极端最大湿度40.7毫巴，最低温度10毫巴。年平均日照时数为1959小时，日平均5.1小时，年总辐射为107.3千卡/平方厘米，年蒸发量为1495毫米。春夏季节常出现雷雨大风和台风天气，昙石山正位于雷区之中。
1954年1月，福州闽侯县甘蔗昙石山村民在修筑闽江防洪堤时，发现大量白色蛤蜊壳堆积层，并出土许多陶片、石器、陶纺轮等。省文管会林钊等到现场察看后，与负责堤防工程的领导商妥，停止挖土，保护现场。省文管会向上级汇报的同时，派人调查该遗址附近的情况，发现洽浦山、鲤鱼山也有类似昙石山的蛤蜊壳堆积，但范围不及昙石山大，遗址位置都紧挨闽江边。3月中旬，华东文物工作队派副队长尹焕章和宋伯胤到实地调查，决定试掘两条壕沟，经电请中央社管局批准后，4月12日正式开工。考古发掘工作组组长由尹焕章担任，成员有华东文物工作队3人、福建文管会文物组9人，共12人。厦门大学人类学博物馆林惠样亦到场协助工作。4月19日考古发掘工作结束，中间除17日因雨停工1天外，实际工作只有7天。在昙石山南段遗址范围内挖掘两条长10米、宽1.5米的探沟。其遗址范围估计，长200-250米，宽10-20米，灰层最厚达2米多。
两条壕沟相距23米，第一探沟在遗址南端农民取土处，发掘深达2.85米；第二探沟在北，与第一探沟略呈垂直状。第二探沟位于山坡两个台层上，西段在高台上，约占探沟全长的三分之一，定名为甲区；东段在低台层上为农耕地，定名为乙区。甲区比乙区高1.45米，甲区挖至深2米见生土，乙区挖至深1.3米见生土。
1959年12月26日至1960年1月5日，省文管会林钊等人对昙石山文化遗址进行第二次发掘。挖探沟1条、探方3个。发掘时，发现文化层堆积物厚薄不一，薄者1.5米，厚者3.1米。堆积成倾斜状，山顶薄而坡底厚，这和原来坡面山形适应。文化层有两层：第一层黄灰色土，覆盖在蛤蜊层之上，厚0.3-1.3米。出土遗物有瓷片、近代砖瓦、铁定、石器、泥质和砂质印纹陶和少量彩陶和磨光陶；第二层为蛤蜊层，厚0.6-1.8米，出土遗物有石器、骨器和陶片等。堆积层近底部处砂陶和磨光陶渐多，印纹硬陶较少。蛤蜊层的下端还压着一个灰坑，出土物都是橙色砂陶及灰、黑色磨光陶。生土黄色，质较细密。灰坑不规则，坑口距地表1.8米，坑口长2.2米，宽1.5米，坑深1.2米。坑内为堆积层，第一层为黄花土，下面压着一层薄薄的草绿色灰土；再下为黄花土及一层厚约6厘米的蛤蜊壳层。
第六次发掘从1964年9月11日至1965年8月5日，历时近一年。发掘工作由福建省博物馆曾凡主持，厦门大学历史系5人配合。
发掘地点是在前五次发掘处的南部边缘地带。由于地势倾斜，地面坑洼不平等原因，开探方（沟）大小不一。根据遗迹表露的现象，分三个发掘点，第一发掘点在南部，开7个探方，发掘面积200平方米；第二发掘点在第一发掘点的东北边，开10个探方，发掘面积250平方米；第三发掘点在第一发掘点北边，开3个探方和1条探沟，发掘面积63平方米。三个发掘点共发掘面积513平方米，其中第二发掘点的117、118两个探方，因文化层全遭破坏，未发掘。第三地点最高，第一地点最低。最低处约在现存地面（以探方132为准）以下7米左右。
第六次发掘，发现的遗迹有灰坑59个，火塘6个，烧坑和穴址各1处，墓葬32座。基本弄清文化堆积叠压关系。
1996年11月至1997年1月，福建省博物馆林公务为队长的考古队对昙石山文化遗址进行第八次考古发掘。这次发掘首先对遗址进行全面测绘，力求将前七次发掘的方位能够纳入到发掘总平面图中，以达到昙石山文化遗址历次发掘资料的完整性和系统性。前七次发掘多位于遗址西南部，第八次发掘便选择在遗址的东北部，开探方30个，发掘总面积811.5平方米，发现墓葬42座、壕沟2条，并确定第七次发掘的5座陶窑的位置。第八次考古发掘结束后，欧潭生接手昙石山文化遗址博物馆的筹建工作，在第131号墓底下发现1座古墓；在殉狗坑西侧又发现1件大陶罐和3件原始陶器，确定为西周大幕内的祭祀台；在祭祀台西南侧小山坡上发现4具奴隶殉葬以及东侧两具女奴殉葬和玉玦2件，并找到西周大墓墓边，认定西周大墓主墓在修甘白公路时被破坏。
昙石山文化陶容器器型的基本组合是釜、壶、簋、豆、杯、碗。陶鼎很少，陶釜最多，故昙石山文化被考古界称为“陶釜文化”。
陶鼎出土3件，是中原新石器时代普遍使用的炊器，在昙石山文化遗址中发现不多。如泥质夹砂灰黄陶，上部为釜状，三足扁平饰细绳纹。口径15.8厘米，通高14.4厘米。
陶釜出土112件，是昙石山遗址中出土最多的一种炊器。一般都是当地取土烧制的红黄色或浅黄色泥质夹砂陶，饰绳纹为主。第131号墓出土18件，证明昙石山人生活于江边、海边，河鲜、海鲜分开煮。福州人爱喝汤的饮食文化也源于此。
陶壶出土73件，是一种盛水器。一般都是泥质灰陶不夹砂。早期圈足较矮、直口短小；晚期圈足较高、形成喇叭口。如陶壶，泥质灰陶，直口、鼓腹、矮圈足，腹饰绳纹和凸棱纹，口径8.4厘米，高13.1厘米。
陶簋出土100件，是一种盛食器。一般都是泥质灰陶。早器簋豆不分，晚期宽沿深腹，出现子母口。如陶簋，浅灰色泥质陶，哆口束颈，折肩斜腹，圈足有镂孔，口径21.6厘米，通高14厘米。
陶豆出土58件，是一种小型浅盘盛食器。一般都是泥质灰陶。早期浅盘矮圈足，晚期深盘高圈足。如陶豆，浅灰色泥质陶，哆口宽沿，腹有凸棱，圈足镂孔奇特，呈马尾形，口径22.2厘米，高86厘米。
陶杯出土37件，是一种小型饮水器。一般都是细腻的泥质陶。早期为矮折腹杯，晚期为直筒杯或带把杯。如陶杯，泥质灰陶，直口矮折腹，小圈足，上腹饰篦点纹，口径8厘米，高9.7厘米。
陶碗出土17件，是一种小型盛食器。一般都是泥质陶，早期产物，晚期被簋代替。如陶碗，泥质黑陶，器表磨光，哆口折肩斜腹，小圈足。通体饰弦纹，下腹饰条状弯曲形篦点纹，口径14.2厘米，高9.5厘米。
陶纺轮出土106件，是原始纺织业工具。一般为圆饼状，中有圆孔，直径在3厘米左右，厚1-2厘米。
陶网坠出土41件，是一种捕鱼工具。一般为圆柱状，两端有凹槽共系绳用，长2-3厘米，直径1厘米。
陶拍出土18件，是南方印纹陶特有的拍印纹饰的工具。分单面、双面、圆形、方形几种类型，印纹有绳饰、方格纹等。
昙石山文化遗址还发现有原始瓷胎质的印纹陶片。第一次发掘时这种陶数量只有1%。第八次发掘时原始瓷器14件（豆11件、其他3件）。建馆时在祭祀坑又发现原始瓷器5件（豆3件、罐2件）。原始瓷豆，方唇直口，斜腹平底，唇口饰凹弦纹一道，盘内有多道凹弦纹，除圈足平底露胎外，通体施青绿釉，口径14.2厘米，足径6.7厘米，高5厘米。原始瓷器不属于昙石山文化的范畴，而应属于3000多年前的先秦闽文化，即黄土仑文化。
昙石山文化遗址出土的石器不多，以磨制石器为主，兼有少量打制粗磨的石斧和砍砸器。石料多为凝灰岩，还有页岩和少量硅质岩，石质较细密坚硬，颜色以灰黑色为主，还有灰色、灰褐色等。器型主要是锛和镞，还有斧、凿、钺、刀、镰、矛、凹石等。
锛出土319件，为石器中出土数量最多，约占出土石器总数的五分之三。平面形态多为长方形、长梯形，也有短梯形和近方形的。横断面呈扁圆、椭圆和长方形、三边形等。一般都是单面刃，磨制精细。一般为平面长方形，弧顶，两侧残留打制凹痕，刃侧稍残。
镞出土166件，平面近长菱形，横断面呈圆角长方形，两面微外弧，双面刃，磨制精细。一般为扁平短铤。
斧出土16件，分宽、窄两种。一般为平面为窄长方形，两面微下弧，刃部有琢制痕迹。
凿出土18件，一般为长条形，不规整，磨制，刃部残缺。
钺出土6件，宽斧型，弧刃。如残石钺，对钻四孔。
刀出土3件，一般为扁平，上端平直，下端弧刃。
镰出土7件，一般为黑燧石磨制，器身较厚，弧背，凹刃。第六次发掘发现6件，建馆时采集到1件，应属于上层黄土仑文化。
矛出土5件，均为黑页岩打制而成，有的尚保留砾石皮。一般石矛扁平叶形，一面略经磨制。
凹石出土14件，是海洋文化特有的石工具，供砍砸海产品用，不同于北方磨刀的砺石。形状大小不一，面上有砍砸海产品留下的痕迹。
玉器出土极少，第二至四次发掘时发现残玉珠1件，第八次发掘发现完整玉珠1件；状如算盘珠，呈浅绿色，外径1.5厘米，孔径0.4厘米，厚0.9厘米。建馆时，在昙石山文化遗址上层奴隶殉葬墓中发现玉玦2件。
昙石山文化遗址出土的骨器，主要是镞、锥、凿等，是利用动物骨骼制成的。镞、针等磨制精细，其余仅限于刃部精加工。角器主要用鹿角制成，锥部精磨，牙刀为野猪獠牙制成。贝器均为牡蛎壳制成，有贝刀、贝铲两类。
骨镞出土44件，平面呈长菱形，磨制精细。一般横截面为三角形，长6.8厘米、翼宽1.3厘米、厚0.7厘米。
骨锥出土16件，形态各异，利用动物肢骨制成，一般仅锥部成扁锥形，长8.9厘米。
骨凿出土8件，也是用动物肢骨制成，仅在尾部磨成凿状。一般骨凿似用角料制作，上端残，下端磨成扁凿型。
骨针出土4件，第二至第四次发掘时发现的三枚骨针最为完整，都是利用鱼骨制成，经简单磨制，针孔清晰可辨。
骨镖出土1件，第六次发掘时发现，尖端已残，器身扁平，中间厚，两侧刃锋利，有双翼和倒勾，扁平铤上有一圆孔，残长8.5厘米。
骨料出土7件，有管状、块状等。
角锥出土1件，第八次发掘时发现，为鹿角制作，锥部精磨，残长14.8厘米。
牙刀出土3件，第六次发掘时出土2件，系野猪的獠牙，被劈成两半，磨出锋刃，残长5.2厘米。
贝铲出土50件，均系牡蛎壳制成，中有两孔。一般刃中部残，凿有双孔，长13.6厘米，宽10厘米，厚1厘米。
贝刀出土31件，用平直的牡蛎壳加工而成。一般有两孔，平面呈扁梯形。
麻龟版出土6件，第一次发掘出土5件，均为碎片，最大的1件长6.5厘米，宽4.7厘米。有一面是密集的小圆洞，故称为麻龟版，反面光滑，颜色为黄色杂有黑色，用途不详。
历史文化价值
昙石山遗址是福建境内第一个经确立的考古学文化， 为福建新石器时代区域考古学文化时空框架的建立奠定了标尺。昙石山文化的考古资料，除标志性的昙石山遗址外， 还有闽侯庄边山、溪头遗址和福清东张下层等遗址作为补充， 较为充分地反映了福建新石器时代末期社会的政治、经济、文化和科学技术等各方面， 极大地充实了东南地区新石器时代末期的考古学文化研究。
社会文化价值
通过对昙石山遗址的保护和利用， 开展以聚落社会性质、经济生活、意识形态和埋葬制度等为内容的考古研究、学术交流活动， 不仅可以增长追根溯源的历史进程意识， 增强民族自信心， 还有助于恢复昔日繁荣和美好的生态环境， 促进现代旅游业的可持续发展。昙石山遗址依托山体， 临傍闽江， 整体景观不仅宏伟， 而且还埋藏有丰富的遗物和遗迹。其社会价值是其他单体遗址所无法代替的， 构成了闽江下游史前文化研究、保护和展出的基础。昙石山遗址及有关生态环境是历史发展、环境演变以及人与自然关系的忠实记录， 不仅是考古学研究对象， 而且也是经济、政治、文化、环境等领域间接和直接的研究对象， 因而是经济建设、社会进步和生态恢复的重要借鉴。当然昙石山遗址更是重要的环境遗产和观光旅游资源。
科学研究价值
昙石山遗址以墓葬为大宗， 且伴出野生动物遗骸、贝类、植物标本等遗物，均有利于研究当时的人种和生态环境。据遗址的堆积情况及出土生产、生活用具等遗物可推测当时的生产、手工等经济产业情况。从埋葬习俗方面， 可探讨当时的社会性质。综合遗址中拔牙、割体仪葬、随葬品中的法器和陶器装饰等， 可推测当时人们的意识形态。从随葬品的器物形态， 探索其源流及与周边文化的交流和比较。
艺术研究价值
昙石山遗址已出土的遗物中， 主要为陶器、石器、贝器、骨器和少量玉器， 均具有极高的艺术价值。随葬品以陶器为大宗， 不乏通体磨光、薄如蛋壳的器皿， 亦有部分彩陶器， 且部分陶器、纺轮和陶支脚均有刻画图案， 反映当时人们的审美情趣和艺术表现力， 亦可从侧面推测当时人们的图腾崇拜信仰。石锛和石镞等细石器、骨簪和骨针等骨器、玉玦和玉饰等玉器种种生产、生活工具， 通体光滑， 磨制精细， 反映了当时的工艺水平， 是工匠智慧的集中体现， 亦体现了当时社会的现实生活和社会风尚。
昙石山遗址先后经过八次发掘，尤以墓葬最为典型，有35座，随葬品都为实用器，墓葬者，是该遗址的居民，具有父系氏族社会的若干特点。
一是男子在生产中占据主导地位。昙石山文化的经济形态的显著特点是渔猎业占着与农业相等或更为重要的地位。从发掘中看到，有相当时间居住形成的文化堆积，公共墓地即在其居址附近；人们主要从事渔猎和农业劳动，并饲养家畜。农作物虽然没有发现，但从事农业与农业生产有关的工具却发现不少，有砍劈用的石斧，有挖土用的石锛，有收割用的石镰、石刀和蚌刀等。这些工具当是人们谋生的手段，反映当时人们已从事农业的劳动。在其发展的过程中，渔猎业起着更为重要的作用，逐渐显示男子在生产中的威望。
二是婚姻形态出现一夫一妻制。父系氏族社会由对偶婚过渡到一夫一妻制婚姻，并盛行一夫一妻制家庭，在他们死后的公共墓地中，出现单人葬，或一对成年男女合葬，而单人葬占绝对优势，昙石山文化中的墓葬正与这种情况相符合。
三是贫富分化，产生私有制。男性墓中以生产工具作为随葬，说明生产工具已转为个人所有，私有制已经确立，男女社会劳动分工已趋于明显。
四是轮制陶器业的出现。只有到了父系氏族社会的龙山文化时期，才普遍使用快轮制造陶瓷。从昙石山文化中的大量陶瓷观察，显然已采用快轮制作。
陶灯
在第125座墓葬中，墓主人头顶放置1件陶灯。这件陶灯造型奇特，通高28.6厘米，腹衣，下半部为壶形，上半部为圆锥形。其柄与壶交接处有一椭圆形孔。四五千年前的昙石山人就已使用如此精美的陶灯，堪称“中华第一灯”。
颧骨
第137座墓主人为25岁左右的青年女性，其左侧颧骨分为上下两部分，下方颧骨块被称为“日本人骨”，日本人大部分有这块颧骨。日本文化不仅受到中国文化的影响，连日本人种也要追溯到昙石山人。
上釉技术
在遗址殉狗坑旁的夯土祭祀台上，出土了一件原始瓷罐和四件原始瓷器。这批原始瓷器距今3000多年，均施有青绿色釉，釉滴不匀，但它是中国商周时期最早的上釉技术。
提线陶簋
在第131座夫妻合葬墓中出土了11件陶簋，其中一件陶簋口沿造型罕见，敛口外有一哆口口沿，沿边有三组扉棱纹，沿上有三组小圆孔，每组6个小孔，显系提线用。
殉葬男奴
在奴隶陪葬坑中，殉葬的男奴竖立坑中，粗壮的大腿骨和脚趾清晰可辨，明显是活埋时挣扎所致，反映了3000年前奴隶殉葬的残酷。
18件陶釜
在第131座夫妇合葬墓底下，发现1座墓陪葬陶器29件，其中大大小小陶釜18件，在中国新石器时代墓葬中也是罕见，以此追溯沿江靠海的福州人有爱喝汤的饮食文化。
1954年1月，闽侯县甘蔗昙石村村民在修筑闽江防洪堤时，发现了大量白色蛤蜊壳堆积层，后来变成了重要的考古发掘。墓葬、陶器和壕沟证明福建文明从这里开始。
1954年起，遗址进行了8次面积不等的考古发掘，总面积近2000平方米，出土可复原的器物约2000余件，另有墓葬、陶窑、壕沟等。
2001年6月，福建省昙石山遗址博物馆建成开馆，并被国务院列为国家第五批文物保护单位。
2003年，被福建省委、省政府列为“福建第一文化旅游品牌”。
2004年，江泽民同志为昙石山遗址作“昙石山文化遗址”的题字，省人民政府专题研究昙石山文化遗址的保护措施，拨款6000多万元加强博物馆建设。
2005年，福建省政府启动“昙石山遗址保护和博物馆建设”的省重点建设项目。
2009年春节，经改扩建的遗址厅也竣工并对外开放。
2001年文化部孙家正部长参观完昙石山遗址博物馆如是评价：“像这样保存完好、上下叠压清楚的考古遗址，全国罕见”。
陈存洗、陈龙：昙石山文化遗址是福建省新石器时代遗址中一处较为重要的遗址，被认为是中国走向海洋文明的开始地之一。
钟礼强：以闽江中下游为中心连接闽台两省的昙石山文化是福建古文化的摇篮和先秦闽族的发源地。
陈胜前：遗址自1954 年考古发掘以来，前后经过九次考古发掘、整理、保护和修复。考古界认为，昙石山“贝丘遗址”，其规模、历史价值可与半坡遗址、河姆渡遗址相媲美。
苏文菁：昙石山遗址的重要意义就在于以全面的考古资料展现了福建先民在闽江入海口这一海洋性区域中的生产工具、居住设计与饮食习惯，它是福建先民与海洋长期互动结果的呈现。
